Peptidlarni kimyoviy sintez qilish usullariga eritma{0}}fazali peptid sintezi va qattiq-fazali peptid sintezi kiradi. Eritma-fazali peptid sintezi eritmadagi aminokislotalarning bog‘lanishini o‘z ichiga oladi; u odatda C{4}}terminaldan N-terminal yo‘nalishida boradi va qisqa peptidlarni (masalan, 10 dan kam aminokislotalarni o‘z ichiga olgan) sintezi uchun mos keladi. Odatda qoʻllaniladigan himoya strategiyalariga BOC (tert{10}}butiloksikarbonil) va Z (benziloksikarbonil) usullari kiradi. Bu yondashuv oraliq mahsulotlarni tozalashni talab qilsa-da, arzonroq xarajat va kengayish qulayligi- kabi afzalliklarni beradi. Birlamchi biriktiruvchi reagentlar karbodiimid tipidagi (masalan, DCC); ammo, bular rasemizatsiya yon reaktsiyalarini keltirib chiqarishi mumkin, bu HOBt kabi qo'shimchalar qo'shilishi orqali bostirilishi mumkin.
Qattiq fazali peptid sintezining asosiy printsipi peptid zanjirining C-terminal aminokislotasini qattiq tayanchga (masalan, smola) immobilizatsiya qilishni o'z ichiga oladi. Peptid zanjiri keyinchalik himoyasizlanish, faollashtirish va ulanishni o'z ichiga olgan bir qator takroriy bosqichlar orqali asta-sekin uzaytiriladi; sintez yoʻnalishi odatda C-terminaldan N-terminusgacha boradi. Qo'llaniladigan asosiy himoya strategiyalari BOC (tert{6}}butiloksikarbonil) va Fmoc (9-fluorenilmetiloksikarbonil) usullari bo'lib, Fmoc usuli engil reaksiya sharoitlari tufayli dominant yondashuv sifatida paydo bo'ldi. Keng qoʻllaniladigan bogʻlovchi reagentlar qatoriga karbodiimid tipidagi reagentlar (masalan, DCC) va oniy tuzlari (masalan, HBTU) kiradi. Sintezdan so'ng peptidni qatron tayanchidan tozalash uchun{16}}odatda TFA yoki HF kabi reagentlar yordamida ajratish kerak.
Peptid sintez usulini tanlash peptid zanjirining uzunligi va uning ketma-ketligining o'ziga xos xususiyatlariga bog'liq: qattiq{0}}fazali sintez yuqori samaradorlikni ta'minlaydi va avtomatlashtirishga osonlik bilan mos keladi, bu{1}}o'rta uzunlikdagi peptidlar (masalan, aminokislotalar) sintezi uchun- mos keladi; aksincha, eritma{6}}fazali sintez qisqa peptidlarni ishlab chiqarish uchun ko'proq mos keladi. "Qiyin" peptidlar uchun-masalan, agregatsiyaga moyil ketma-ketliklar yoki maxsus aminokislotalarni o'z ichiga olganlar-muqobil strategiyalar, masalan, psevdoprolin usuli yoki *orto*-gidroksibenzil-turidagi himoya usullari qo'llanilishi mumkin.